یکی از کاربرد های بسیار شایع لیزردرمانی در بیماری های مفاصل است و در بیماری های مختلفی نظیر آرتروزها، روماتیسم مفصلی و سرونگاتیو، فیبرومیالژی، اسپوندیلیت آنکلیوزان، دردها و شکستگی های ناشی از پوکی استخوان، دردهای کمری، دردهای آسیبهای ورزشی، در رفتگی‌ها و التهابات غلاف کپسول مفصلی، التهاب و تورم حاصل از پیچ خوردگی مفاصل و… کاربرد دارد.
باتوجه به اثرات لیزر مانند اثر ضد التهاب، ضد درد، تسریع روند ترمیم بافتی و متعادل سازی فعالیت سیستم ایمنی، میتوان از میزان التهاب مفصلی کاست و باعث افزایش دامنه حرکتی در مفصل درگیر شد. از طرف دیگر در آسیبهای مفصلی، عضلات اطراف مفصل نیز درگیر شده و در آنها نقاط ماشه‌ای تشکیل می شود که در بسیاری از مواقع منجر به درد انتشاری و تیرکشنده همراه با محدودیت بیشتر مفصل می‌شود. افزایش خونرسانی که توسط لیزر در این نقاط صورت می‌گیرد، نقش عمده‌ای در کاهش درد و برطرف کردن این نقاط دارد.
